ويوجد في اليابان حاليا أكثر من أربعمائة ألف مسلم منهم مائة ألف مواطن ياباني.
وتحتضن اليابان مايقرب من مائة جمعية وتجمع إسلامي لمختلف الأجناس سواء من اليابانيين أو من أبناء الجنسيات الأخرى المقيمين في اليابان ومن مختلف المهن سواء التجار أو الصناع أو المهنيين أو الطلبة من الرجال والنساء.
وأصبحت المساجد والمصليات سواء المملوكة أو المؤجرة منتشرة بفضل من الله في كل مكان في قلب طوكيو وما حولها وفي بقية المدن اليابانية.
ومن أشهر المساجد الموجودة في اليابان مسجد مدينة كوبى ومسجد طوكيو الذي أعيد بناؤه والصرح الإسلامي الذي أقامته جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية الذي يضم مسجدا ومعهدا.
ويوجد في اليابان مساجد لبعض سفارات الدول الإسلامية ومصلى المركز الإسلامي بالإضافة إلى المصليات الخاصة بالجاليات الإسلامية المختلفة التي يقيمها رجال الأعمال والطلبة المسلمون الموجودون في اليابان.
ويعد المركز الإسلامي في اليابان من أهم الهيئات الإسلامية المحلية .. وتأسس منذ نحو أربعة عقود , واتخذ الدعوة ودعم الوجود الإسلامي والتعريف بالإسلام وتعضيد توطين الجالية الإسلامية في اليابان شعارا له.
ويثمن المسلمون اليابانيون الدعم الذي تقدمه المملكة العربية السعودية منذ أيام الملك عبد العزيز بن عبد الرحمن آل سعود رحمه الله الذي أرسل سفير المملكة في لندن آنذاك حافظ وهبة لحضور افتتاح مسجد طوكيو عام 1938م.
وتواصل هذا الدعم بعد ذلك فقد أرسل الملك فيصل بن عبد العزيز رحمه الله بعثة من سبعة أشخاص عام 1973م أنشأت المركز الإسلامي كما تبرع الملك خالد بن عبد العزيز رحمه الله بالمقر الحالي للمركز.
وحظي المركز الإسلامي الياباني بالدعم والمساندة من خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز آل سعود رحمه الله إذ أصدر أمره بتخصيص مبلغ مليون وثلاثمائة ألف دولار لميزانية تشغيل المعهد الإسلامي في طوكيو التابع لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية.
كما أمر - رحمه الله - بإعادة بناء المعهد العربي الإسلامي في طوكيو بمبلغ يزيد على ثلاثين مليون ريال ليكون مركز إشعاع حضاري وثقافي يخدم المسلمين في اليابان.
وقد أعيد افتتاحه أثناء زيارة خادم الحرمين الشريفين الملك عبد الله بن عبد العزيز آل سعود - حفظه الله - لليابان " عندما كان وليا للعهد آنذاك " غرة شهر رجب 1419هـ.
